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首先，非同一控制下控股合并特殊性税务处理重复征税问题的研究，应当根据财税[2009]59号文件和国家税务总局2010年第4号公告公告的规定，分别一般性税务处理和特殊性税务处理两种情况进行分析。
企业股权收购重组交易的一般性税务处理规定如下：（1）被收购方（即被收购企业股东）应确认股权转让所得或损失；（2）收购方取得股权的计税基础应以公允价值为基础确定；（3）被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。
企业股权收购重组交易的特殊性税务处理规定如下：（1）被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定；（2）收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定；（3）收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。
其次，非同一控制下控股合并特殊性税务处理重复征税问题的研究，应当根据《企业会计准则第20号——企业合并》（以下简称“企业合并准则”）的规定，分析非同一控制下控股合并的会计处理方法。
税法所界定的股权收购相当于企业合并准则所界定的控股合并。根据企业合并准则的规定，购买方对于非同一控制下的控股合并应当采用购买法进行会计处理。购买法是从购买方的角度出发，购买方确定的企业合并成本是购买方在购买日为进行企业合并而支付的现金或非现金资产、发行或承担的债务、发行的权益性证券等的公允价值与或有对价之和；购买方在企业合并中取得的被购买方各项可辨认资产和负债，应当在满足资产和负债确认条件的情况下，于购买日作为合并财务报表中的资产和负债进行确认，并按照公允价值计量；对于被购买方在企业合并之前已经确认的商誉和递延所得税项目，购买方在对企业合并成本进行分配、确认在企业合并中取得可辨认资产和负债时不应予以考虑。在按照规定确定了企业合并中应予确认的各项可辨认资产和负债的公允价值后，其计税基础与账面价值不同形成暂时性差异的，应当按照《企业会计准则第18号——所得税》的规定确认相应的递延所得税资产或递延所得税负债；当企业合并成本大于购买方在企业合并中取得的被购买方可辨认净资产公允价值份额的差额时，应当确认为商誉，并按规定进行减值测试；当企业合并成本小于购买方在企业合并中取得的被购买方可辨认净资产公允价值份额的差额时，该差额为负商誉，但企业合并准则不允许将其确认为负商誉，而应当计入合并当期损益（营业外收入）。
例如，A公司以定向增发5000万股普通股（面值为1元，市价为20元）作为合并对价，从甲公司手中取得B公司100%的股权，甲公司由此取得A公司100%的股权。甲公司对B公司长期股权投资的计税基础为6亿元，B公司净资产的账面价值、可辨认净资产的公允价值分别为6亿元、10亿元，经重组主导方甲公司协商，当事各方一致采取特殊性税务处理或一般性税务处理。
甲公司再将其取得的A公司100%的股权转让给D公司，转让价格为其公允价值10亿元，当即收到银行存款。A公司再将取得的B公司100%的股权转让给C公司，转让价格为其公允价值10亿元，当即收到银行存款。A公司在转让B公司100%的股权后就进行清算。
假定A公司、B公司、C公司、D公司和甲公司适用的所得税税率均为25%，各公司均按照净利润的10%提取法定盈余公积，预计各公司在未来期间内能够产生足够的应纳税所得额，不考虑企业所得税以外的其他相关税费。
解析：1.购买方A公司的会计与税务处理对于非同一控制下的控股合并，一方面，购买方应当根据企业合并准则的规定，于购买日采用购买法确定对被购买方的长期股权投资的账面价值（初始投资成本）；另一方面，购买方应当根据财税[2009]59号文件的规定，区分不同条件分别采取一般性税务处理和特殊性税务处理进行税务处理，确定对被购买方的长期股权投资的计税基础。但是，购买方对长期股权投资的账面价值与计税基础不同而产生的暂时性差异是否需要确认相关的递延所得税，主要取决于购买方管理层对该项长期股权投资的持有意图。
（1）A公司收购B公司股权时
A公司从甲公司手中收购B公司股权的账务处理如下：
借：长期股权投资——B司 1000000000
贷：股本——甲公司 50000000
资本公积 950000000
在股权收购的当事各方均采取一般性税务处理的情况下，A公司收购B公司股权的账面价值和计税基础均为10亿元，产生暂时性差异0（10－10）。因此，A公司无需进行纳税调整，无需缴纳所得税。
在股权收购的当事各方均采取特殊性税务处理的情况下，A公司收购B公司股权的计税基础为被收购股权的原有计税基础6亿元，产生应纳税暂时性差异4亿元（10-6）。由于该项应纳税暂时性差异4亿元属于其他暂时性差异，因此无需进行纳税调整。但是，A公司是否需要对该项长期股权投资产生的应纳税暂时性差异确认递延所得税负债，主要取决于A公司管理层对该项长期股权投资的持有意图。
如果A公司管理层意图长期持有该项长期股权投资，则A公司无需确认与该项长期股权投资应纳税暂时性差异相关的递延所得税负债；如果A公司管理层意图在未来转让或者处置该项长期股权投资，则A公司应当确认与该项长期股权投资应纳税暂时性差异相关的递延所得税负债。账务处理如下：
借：资本公积 100000000
贷：递延所得税负债 100000000（400000000×25%）。
（2）A公司转让B公司股权时
A公司转让B公司股权给C公司的账务处理如下：
借：银行存款 1000000000
贷：长期股权投资——B公司 1000000000.
在会计处理上，A公司转让B公司股权不产生投资收益。
在股权收购的当事各方均采取一般性税务处理的情况下，A公司转让B公司股权的公允价值与计税基础均为10亿元，不产生股权转让所得。因此，A公司在计算应纳税所得额时，无需进行纳税调整，也无需缴纳所得税。
在股权收购的当事各方均采取特殊性税务处理的情况下，A公司转让B公司股权的公允价值为10亿元，而计税基础为6亿元，产生股权转让所得4亿元（10-6）。因此，A公司在计算应纳税所得额时，应当在利润总额的基础上调增转回的应纳税暂时性差异4亿元，缴纳所得税1亿元。同时，A公司在转让B公司股权时，应当转回原已确认的与该项长期股权投资应纳税暂时性差异相关的递延所得税负债。账务处理如下：
借：所得税费用100000000（400000000×25%）
贷：应交税费——应交所得税 100000000
借：递延所得税负债100000000
贷：资本公积100000000（400000000×25%）。
从上述分析可以得出如下结论：
（1）在股权收购的当事各方均采取一般性税务处理的情况下，A公司通过收购和转让B公司股权后的净资产账面价值为10亿元，其中股本0.5亿元、资本公积9.5亿元。
（2）在股权收购的当事各方均采取特殊性税务处理的情况下，A公司通过收购和转让B公司股权后的净资产账面价值为9亿元，其中股本0.5亿元、资本公积9.5亿元（9.5-1+1）、未分配利润-1亿元。
A公司通过收购和转让B公司股权，采取特殊性税务处理比采取一般性税务处理多缴纳所得税1亿元，因而导致A公司净资产的账面价值减少1亿元。
2.被购买方甲公司的会计与税务处理
由于被购买方只是控股合并中购买方与被购买方股东之间进行交易的载体，因此在非同一控制下的控股合并中，股权收购的当事各方无论是采取一般性税务处理还是采取特殊性税务处理，被购买方的相关所得税事项应当保持不变，会计上也仅需进行实收资本（或股本）的内部结转。也就是说，无论是A公司从甲公司手中收购甲公司股权，还是A公司转让甲公司股权给C公司，作为被购买方的甲公司仅是股东变更，注册资本和股本并没有发生增减变动，甲公司只需进行股本的内部结转，无需进行其他会计处理和税务处理。
（1）A公司收购甲公司股权时
A公司从甲公司手中收购甲公司股权时，甲公司的账务处理如下：
借：股本——甲公司600000000
贷：股本——A公司600000000.
（2）A公司转让甲公司股权时
A公司转让甲公司股权给C公司的账务处理如下：
借：股本——A公司600000000
贷：股本——C公司600000000.
3.被合并方的股东甲公司的会计与税务处理
在会计处理上，被购买方的股东在非同一控制下的控股合并中应当作为处置长期股权投资处理。即被购买方的股东在处置长期股权投资时，应当相应结转与所售股权相对应的长期股权投资的账面价值；出售所得价款与处置长期股权投资账面价值之间的差额，应当确认为处置损益（计入当期投资损益）。采用权益法核算的长期股权投资，原计入资本公积中的金额和与长期股权投资相关的递延所得税在处置时也应当一并结转，将原计入资本公积中的金额与所出售股权相对应的部分在处置时自资本公积转入当期投资损益，将与长期股权投资相关的递延所得税与所出售股权相对应的部分在处置时自递延所得税转入当期损益（投资损益或所得税费用）。
在税务处理上，被购买方的股东在非同一控制下的控股合并中应当分别采取一般性税务处理和特殊性税务处理两种情况进行处理，即如果股权收购的当事各方均采取一般性税务处理，被购买方的股东应当确认股权转让所得或损失，对确认的股权转让所得应当全额缴纳所得税；如果股权收购的当事各方均采取特殊性税务处理，则被购买方的股东无需确认股权转让所得或损失。
（1）甲公司转让甲公司股权时
甲公司转让甲公司股权给A公司的账务处理如下：
借：长期股权投资——A公司 1000000000
贷：长期股权投资——甲公司 600000000
投资收益400000000.
在股权收购的当事各方均采取一般性税务处理的情况下，甲公司取得A公司股权的计税基础为甲公司支付对价的公允价值10亿元，暂时性差异为0（10－10）。因此，甲公司对因处置甲公司股权而确认的投资收益4亿元属于股权转让所得，无需进行纳税调整，正常纳税。账务处理如下：
借：所得税费用 100000000（400000000×25%）
贷：应交税费——应交所得税 100000000.
在股权收购的当事各方均采取特殊性税务处理的情况下，甲公司取得A公司股权的计税基础为被收购股权的原有计税基础6亿元，产生应纳税暂时性差异4亿元（10－6）。因此，甲公司在计算应纳税所得额时，应当在利润总额的基础上调减产生的应纳税暂时性差异4亿元，即甲公司在转让甲公司股权中产生的投资收益4亿元不应计入当年度应纳税所得额，当年度无需缴纳所得税。但是，甲公司是否需要对取得的对A公司长期股权投资产生的应纳税暂时性差异确认递延所得税负债，主要取决于甲公司管理层对该项长期股权投资的持有意图。
如果甲公司管理层意图长期持有该项长期股权投资，则甲公司无需确认与该项长期股权投资应纳税暂时性差异相关的递延所得税负债；如果甲公司管理层意图在未来转让或者处置该项长期股权投资，则甲公司应当确认与该项长期股权投资应纳税暂时性差异相关的递延所得税负债。其账务处理如下：
借：所得税费用100000000（400000000×25%）
贷：递延所得税负债100000000.
（2）甲公司转让A公司股权时
甲公司转让A公司股权给D公司的账务处理如下：
借：银行存款1000000000
贷：长期股权投资——A公司 1000000000.
在会计处理上，甲公司转让A公司股权不产生投资收益。
在股权收购的当事各方均采取一般性税务处理的情况下，甲公司转让A公司股权的公允价值与计税基础均为10亿元，不产生股权转让所得。因此，甲公司在计算应纳税所得额时，既无需进行纳税调整，又无需缴纳所得税。
在股权收购的当事各方均采取特殊性税务处理的情况下，甲公司转让A公司股权的公允价值为10亿元，计税基础为6亿元，产生股权转让所得4亿元。因此，甲公司在计算应纳税所得额时，应当在利润总额的基础上调增转回的应纳税暂时性差异4亿元，缴纳所得税1亿元。同时，甲公司在转让A公司股权时，应当转回原已确认的与该项长期股权投资应纳税暂时性差异相关的递延所得税负债。其账务处理如下：
借：所得税费用100000000（400000000×25%）
贷：应交税费——应交所得税 100000000
借：递延所得税负债100000000
贷：所得税费用 100000000（400000000×25%）。
4.A公司清算时的会计与税务处理
如上文所述，在股权收购的当事各方均采取一般性税务处理的情况下，A公司进行清算时的净资产账面价值为10亿元。D公司从A公司分得的剩余资产为10亿元，其中无股息所得，而投资成本为10亿元，应确认的投资转让所得为0（10―10），无需缴纳所得税。
在股权收购的当事各方均采取特殊性税务处理的情况下，A公司进行清算时的净资产账面价值为9亿元。D公司从A公司分得的剩余资产为9亿元，无股息所得，而投资成本为10亿元，应确认的投资转让所得为-1亿元（9－10），该项投资转让损失1亿元留待D公司从当年或者未来年度应纳税所得额中弥补。
A公司的清算与B公司和甲公司均无关，无需进行任何会计处理和税务处理。
综上所述，在非同一控制下的控股合并中，如果股权收购的当事各方均采取一般性税务处理，则只有在甲公司转让甲公司股权时需要缴纳所得税1亿元，各公司缴纳的所得税之和为1亿元；如果股权收购的当事各方均采取特殊性税务处理，则A公司在转让甲公司股权时需要缴纳所得税1亿元，甲公司在转让A公司股权时需要缴纳所得税1亿元，D公司对A公司在清算时产生的投资转让损失1亿元可以在当年度或者未来年度应纳税所得额中弥补，抵缴所得税0.25亿元，各公司缴纳的所得税之和为1.75亿元。本例中，股权收购的当事各方采取特殊性税务处理在非同一控制下的控股合并中因收购和转让股权而多缴纳所得税0.75亿元。
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