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微生物分类的目的：把各种微生物按照它们的亲缘关系分群归类，排成系统，以便于人们对微生物进行鉴定和交流。
微生物的主要分类单位：界、门、纲、目、科、属、种、变种、亚种（小种）、型、菌株（品系）
种是最基本的分类单位
种：亲缘关系较近的微生物有机体的集合，它们在进化发育阶段上有一定的共同形态和生理特征。现代分类学上规定种内菌株的DNA同源性≥70%
变种：从自然界分离到的微生物纯种，如果与典型种之间存在某些特征的差别，而这些特征又是稳定遗传的，则可将这一纯种称为典型种的变种。如枯草芽孢杆菌的黑色变种。
小种（亚种）：实验室中获得的微生物变异型称为小种或亚种。
型：自然界存在的差异较小的同种微生物的不同类型，称为型。如结核分支杆菌依其寄主的不同可分为人型、牛型和禽型。
菌株（品系）：来源不同的同种微生物的纯培养，均可称为菌株。
群：有些微生物的特征介于两种微生物之间，我们把这两种微生物及其中间类型统称为一个群命名的方法：国际法规命名，即林奈所创立的双名法。
双名法的规则：微生物的学名依属和种而命名，由两个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成，属名在前，为名词，开头字母大写，是该微生物的主要特征。种名在后，为形容词。如：Stapylococcus aureus, Streptomyces albosporeus(Krainsky) Waksman et Henrici, Micrococcus sp.(spp.), Bacillus subtilis var.niger形 态 特 征：个体形态（形状、大小、染色反应等）、群体形态（菌落特征、液体培养特点等）
生理生化特征：代谢产物、营养要求、细胞壁成分等的测定
生态特征：微生物间各种相互关系的利用
遗传特征：DNA同源性分析 G+C的含量
其它：全细胞蛋白的分析、多位点酶的分析等
经典分类法：采用双歧法整理实验结果
数值分类法：测定100项以上的各种性状，利用计算机进行菌株的相互比较，并得出总的相似值。一般认为同种微生物菌株之间的相似值≥80%。
遗传分类法：DNA杂交（液相复性速率法原理与方法）、G+C含量的测定（热变性法、浮力密度法等）
细菌：伯杰氏鉴定细菌学手册（第八、第九版）、细菌系统学手册（第一版）
放线菌：中国科学院微生物研究所编著的放线菌目分科、分属检索表
真菌：Smith、 Alexopoulos 、 Ainsworth的分类系统
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